quelques récits de montagne

Versailles, que j'habite depuis plus de 25 ans est une belle ville de province. Riche de ses monuments et qui tire sa prospérité du tourisme. De fait, le commerce y est florissant et de qualité. Ce qui n'est pas négligeable lorsque l'on aime cuisiner, marier les vins et les plats, courir, nager, vivre.

Pendant 20 ans je me suis me promené en montagnej'ai grimpé les rochers de Fontainebleau, et depuis quelques années je nage au sein de divers clubs dont le Cercle du Marais avec lequel j'ai commencé les compétitions. Enfin, j'ai pris des engagements politiques. Dans le cadre de ces engagements politiques, mais aussi parce que l'urgence de la situation me l'imposait, j'ai milité modestement pour la lutte contre le VIH, et dans des réflexions sur le sens de l'injure, et en cela je vous propose les réflexions de François Delor. Retrouver mon curriculum vitae et mes publications.

Bonne découverte !

Enfin, j'ai 57 ans et j'adore les cadeaux. Alors commencez par m'écrire :Pierre@Leonard.nom.fr 

ANNEE 2015

En 2015 la soc iété savante Aristote continue son chemin. Retrouver une partie du programme 2015 des séminaires ici.

En 2011, je vous avais présenté un calcul de statistiques parralelisé : "NgsStatistics". Son architecture et son enrichissement avec des bibliothèques développées chez MGP va autoriser l'injection des données en provenance des séquenceurs directement dans le cluster de la base Parstream en parrallèlle complet.

Retour des espaces RAID 5 des volumes Parstream en test :

Le raid matériel n'est pas toujours ce que l'on croit. Certe le controleur n'est pas une bête de course, mais la version "luxe" ne permettra pas de passer à un facteur 7.

La fin de l'année 2014 et ce début d'année ont été consacré à la finalistaion des différents clusters spécialisé pour des calculs, ou des bases de données dédiées aux données massives. Mais avec le nombre de plus en plus important d'élément structurels, il faut aussi commencer à gérer les pannes.

Ce début d'année a vus aussi la mise en place d'une solution d'archivage hiérarchique sur disque puis sur bandes.

ANNEE 2014

Vous trouverez le programme des séminaires Aristote sur sa page : Aristote en 2015 et 2014.

Mes travaux actuels consistent à mettre en place un cluster de plusieurs dizaines de serveurs équipés ou non de GPU. Ce cluster est mixte : calcul et stockage/ calcul hybryde et base de données. La part de calcul est gérée par le sheduler Proactive de la société Française ActivEeon. La partie stockage a été divisée en plusieurs volumes :

Je vous ferais une description plus précise en 2015.

Dédembre 2014 :

Article: Construction of a dairy microbial genome catalog opens new perspectives for the metagenomic analysis of dairy fermented products.
Mathieu Almeida, Agnès Hébert, Anne-Laure Abraham, Simon Rasmussen, Christophe Monnet, Nicolas Pons, Céline Delbès, Valentin Loux, Jean-Michel Batto, Pierre Léonard, Sean Kennedy, Stanislas Dusko Ehrlich, Mihai Pop, Marie-Christine Montel, Françoise Irlinger, Pierre Renault
ABSTRACT :  Microbial communities of traditional cheeses are complex and insufficiently characterized. The origin, safety and functional role in cheese making of these microbial communities are still not well understood. Metagenomic analysis of these communities by high throughput shotgun sequencing is a promising approach to characterize their genomic and functional profiles. Such analyses, however, critically depend on the availability of appropriate reference genome databases against which the sequencing reads can be aligned.
We built a reference genome catalog suitable for short read metagenomic analysis using a low-cost sequencing strategy. We selected 142 bacteria isolated from dairy products belonging to 137 different species and 67 genera, and succeeded to reconstruct the draft genome of 117 of them at a standard or high quality level, including isolates from the genera Kluyvera, Luteococcus and Marinilactibacillus, still missing from public database. To demonstrate the potential of this catalog, we analysed the microbial composition of the surface of two smear cheeses and one blue-veined cheese, and showed that a significant part of the microbiota of these traditional cheeses was composed of microorganisms newly sequenced in our study.
Our study provides data, which combined with publicly available genome references, represents the most expansive catalog to date of cheese-associated bacteria. Using this extended dairy catalog, we revealed the presence in traditional cheese of dominant microorganisms not deliberately inoculated, mainly Gram-negative genera such as Pseudoalteromonas haloplanktis or Psychrobacter immobilis, that may contribute to the characteristics of cheese produced through traditional methods.
BMC genomics. 12/2014; 15(1):1101.
Le document au complet

L'équipe de Pierre Renault, de l'unité Micalis INRA Jouy en Josas, publie cet excellent article sur les bactétries présentent dans nos fromages au lait cru. Ne sauter pas en l'air en disant "Mais ils ne peuvent pas nous laisser tranquil avec nos fromages ?". Excellente remarque sur fond d'accord de marché entre l'Europe et les USA, mais c'est exactement l'inverse. L'objectif de ce travail est de démontrer que les bactéries présentent dans nos fromages ne représentent aucun danger  pour les consommateurs Européens, bien au contraire qu'elles participent à l'enrichissement de notre microbiote intestinal, vous savez l'intestin et son microbiote notre deuxième cerveau.

Je suis devenu au mois de Juin : Président du Comité de Programme de la société savante Aristote. Je vous rappelle les fondamentaux d'Aristote  :

L’association Aristote, francophone, sans but lucratif et indépendante des fournisseurs de solution, a pour objet de grouper les utilisateurs des nouvelles technologies de l’information et de communication (NTIC), d’organismes d’enseignement supérieur, de recherche et développement, et d’innovation, en vue de permettre une synergie prospective de leurs actions.

A cette fin, Aristote: favorise le partage d’expériences et de conseils, mutualise les actions de veille technologique et de veille stratégique, anticipe, favorise et met en valeur l’émergence de nouveaux usages des technologies dans un contexte humain et économique maîtrisé, effectue la promotion et assure des actions de formation et d'information de toutes natures, notamment par l'organisation de séminaires et de conférences au bénéfice de ses membres, met en relation les acteurs de l’innovation et les futurs usagers de leurs inventions, et développe une pédagogie spécifique relative aux NTIC et à leurs usages.

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Nos activités dans la société savante Aristote continuent et s'entensifient. Le Comité de Programme s'étoffe de personnalités qui enrichissent la connaissance et l'ouverture vers des sujets un peu différents qui qui restent dans l'ADN d'Aristote : découvrir et faire découvrir. Ainsi, voici le cycle 2014 :

1) L'Équation du Millénaire : mission impossible ? – 12 Mars 2014: Avec Thien Hiep Lê (ONERA), R. Seneor (E.Polytechnique) & Ch. Tenaud (LIMSI)

2) L’innovation bio inspirée : ce que la nature nous apprend - 3 Juin 2014 Avec David Menga (EDF) & Bernard Monnier (MIM/Thales)

3) Innovation : vision globale sociétale – 11 Septembre 2014 Avec Bernard Monnier (MIM) et JC Sabattier (Consultant)

4) ROC & ROM : Reduce of Complexity, of Model - 23 Octobre 2014 Avec T.H. Lê (ONERA), C. Tenaud (LIMSI), CEA (C. Calvin).

5) Modèles de programmation, modèles d’exécution et… outils pour les supercalculateurs – 27 Novembre 2014 Avec Ph. d’Anfray (CEA), M. Kern (INRIA), MA Foujols (IPSL) et la MDLS ?

6) Accréditation des résultats de la Recherche – Décembre 2014 Avec T.H. Lê (ONERA), T. Lebrat (INRIA) et Nano Innov (à confirmer)

7) Arts numériques - Date à confirmer - 2014 Avec avec Don Foresta (MARCEL) et Karin Dassas (I.A.P.-Paris Sud) et Ph. D’Anfray (CEA)

8) Big Data 3 - 2014(?) Avec JM. Batto (INRA) et D. Menga (EDF)


Puis en juillet 2014, mais cette fois-ci dans Nature :

Article: Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis
Nan Qin, Fengling Yang, Ang Li, Edi Prifti, Yanfei Chen, Li Shao, Jing Guo, Emmanuelle Le Chatelier, Jian Yao, Lingjiao Wu, [......], Chunhui Yuan, Wenchao Ding, Yuanting Chen, Xinjun Hu, Beiwen Zheng, Guirong Qian, Wei Xu, S. Dusko Ehrlich, Shusen Zheng, Lanjuan Li
ABSTRACT : Liver cirrhosis occurs as a consequence of many chronic liver diseases that are prevalent worldwide. Here we characterize the gut microbiome in liver cirrhosis by comparing 98 patients and 83 healthy control individuals. We build a reference gene set for the cohort containing 2.69 million genes, 36.1% of which are novel. Quantitative metagenomics reveals 75,245 genes that differ in abundance between the patients and healthy individuals (false discovery rate < 0.0001) and can be grouped into 66 clusters representing cognate bacterial species; 28 are enriched in patients and 38 in control individuals. Most (54%) of the patient-enriched, taxonomically assigned species are of buccal origin, suggesting an invasion of the gut from the mouth in liver cirrhosis. Biomarkers specific to liver cirrhosis at gene and function levels are revealed by a comparison with those for type 2 diabetes and inflammatory bowel disease. On the basis of only 15 biomarkers, a highly accurate patient discrimination index is created and validated on an independent cohort. Thus microbiota-targeted biomarkers may be a powerful tool for diagnosis of different diseases.
Nature 07/2014; · 38.60 Impact Factor
Document complet

Notre équipe publie dans le jouranal scientyific  :  Nature Biotechnology

Article: Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes
H. B. Nielsen, M. Almeida, A. S. Juncker, S. Rasmussen, J. Li, S. Sunagawa, D. R. Plichta, L. Gautier, A. G. Pedersen, E. Le Chatelier, [......], D. W. Ussery, T. Yamada, H. I. T. Consortium Meta, P. Renault, T. Sicheritz-Ponten, P. Bork, J. Wang, S. Brunak, S. D. Ehrlich, Hervé Blottière
ABSTRACT : Most current approaches for analyzing metagenomic data rely on comparisons to reference genomes, but the microbial diversity of many environments extends far beyond what is covered by reference databases. De novo segregation of complex metagenomic data into specific biological entities, such as particular bacterial strains or viruses, remains a largely unsolved problem. Here we present a method, based on binning co-abundant genes across a series of metagenomic samples, that enables comprehensive discovery of new microbial organisms, viruses and co-inherited genetic entities and aids assembly of microbial genomes without the need for reference sequences. We demonstrate the method on data from 396 human gut microbiome samples and identify 7,381 co-abundance gene groups (CAGs), including 741 metagenomic species (MGS). We use these to assemble 238 high-quality microbial genomes and identify affiliations between MGS and hundreds of viruses or genetic entities. Our method provides the means for comprehensive profiling of the diversity within complex metagenomic samples.
Nat Biotechnol. 01/2014; Document source

Retrouvez momentanément le cycle 2014 d'Aristote.

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Et en parteraiat avec l'ONERA :

Vers le HPC-Desk Simulation numérique & Calcul haute performance

Journée Scientifique ONERA

Séminaire JSO-Aristote, mardi 20 mai 2014, ONERA, Châtillon.

Coordination scientifique:

Attention: inscription obligatoire par mail avant le 13 mai programme Inscription

Retrouvez en 2013  les 25 ans d'Aristote, notre publication dans la revue scientifique "Nature",

Retrouvez en 2012  nos participations au forums TERATEC, Metahit, nos participations avec la société savante  Aristote : l'Open-word-forum, et les nombreux séminaires dont un sur le green cloud. Et bien sur quelques publications. Vous pouvez trouver le rapport d'activité de la société savante Aristote : Rapport d'activité 2012.

Retrouvez en 2011 les aventures de Benoît Grison l'un des meilleurs alpinistes du siècle dernièr et mon ami. Mes travaux dans le projet OpenGPU dédié à la réintroduction du calcul vectoriel grâce aux cartes graphiques, dont l'atout principal est le prix, car démocratisées par le jeu.

Et comme le passé nous poursuit vous pourrez retrouver les travaux du projet de recherche de l'INRIA Rocquencourt Télésia dédié au travail collaboratif à la fois dans ses aspects techniques qualitatifs et usuels s'appuyant ainsi sur la société savante Aristote et ses séminaires.

Retrouvez en 2006 mes travaux en logistique et au centre de recherches de l'EDF à Clamart.