quelques récits de montagne

Lui, c'est docteur Pierre.

Il est sage, enfin il ne dit rien, cela lui évite d’annoner une ânerie.

Il est modeste aussi. D'ailleurs "docteur Pierre" ne signifit-il pas "petite crotte de ragondin" en Chinois et "petit roseau plié par le vent" en Inuk ? Cest vrai il est modeste : il y a la terre, la mer, le feu, le soleil, docteur Pierre ne souhaite pas faire de l'ombre au système solaire !


Versailles, que j'habite depuis plus de 28 ans est une belle ville de province. Riche de ses monuments et qui tire sa prospérité du tourisme. De fait, le commerce y est florissant et de qualité. Ce qui n'est pas négligeable lorsque l'on aime cuisiner, marier les vins et les plats, courir, nager, vivre. Son marché a été élu plus beau marché d'ile de France, et pour ne rien gâter, il est l'un des plus abordable.

Pendant 20 ans je me suis me promené en montagnej'ai grimpé les rochers de Fontainebleau, et depuis quelques années je nage au sein de divers clubs dont le Cercle du Marais avec lequel j'ai commencé les compétitions. Enfin, j'ai pris des engagements politiques. Dans le cadre de ces engagements politiques, mais aussi parce que l'urgence de la situation me l'imposait, j'ai milité modestement pour la lutte contre le VIH, et dans des réflexions sur le sens politique de l'injure, et en cela je vous propose les réflexions de François Delor. Retrouver mon curriculum vitae et un résumé de mes publications.

Bonne découverte !

Enfin, j'ai 63 ans et j'adore les cadeaux. Alors commencez par m'écrire :Pierre@Leonard.nom.fr 

ANNÉE 2020

Après une tentative de recherche de travail avec Pole emploi, pendant deux ans, j'ai décidé de prendre ma retraite à 62 ans. Cela s'appelle une retraite minorée. Vous en comprenez le sens assez facilement : moins 16%, mais surtout l'interdiction, de fait, de travailler en cas de besoin, tout revenu complémentaire étant soustrait de votre retraite. Alors si un gouvernant quelconque lit ces lignes qu'il réfléchisse à l'équité de cette décision.

ANNÉE 2019

Afin de marquer la fin de l'étape de recherche de l'unité Métagénopolis qui démarre une nouvelle période plus applicative sous la direction de Alexandre Cavezza un document retraçant l'ensemble des recherches a été publié en 2019. Il est cosigné par l'ensemble des personnes qui ont participé à cette magnifique aventure.

ANNÉE 2018

C'est la fin, après avoir essuyé une diffamation publique d'une pauvresse : Magalie B. incapable de comprendre que ma vie affective différente de la sienne ne faisait pas de moi un prédateur sexuel, s'est retrouvée à chialer dans mon bureau, sans être capable de prononcer un mot d'excuse. Bien sur, je n'ai pas pu obtenir d'excuses publiques, mais je reconnais que je n'ai pas fait aboutir ma plainte auprès de SOS-Homophobie. Elle a eu de la chance et continue à sévir à l'INRA avec son esprit obscurci de jalousie.

A cela s'ajoute l'ennui de travailler dans une société de service qui vous annonce (DSI Global Services), après avoir signé votre contrat, que les RTT sont comprises dans votre salaire et donc n'existent pas en temps que jours effectifs de repos. Mais néanmoins signe un contrat de trois ans avec l'INRA et que vous découvrez que vous en êtes un des mobiliers du dit contrat, il ne vous reste qu'une seule action : quitter le navire et c'est ce que j'ai fait en mars 2018. Non sans mal, tant il est en effet difficile de faire comprendre à un fonctionnaire le sens du mot démission, c'est la première fois que j'ai du faire trois mois de préavis.

ANNÉE 2017

L'unité Metagenopolis(.eu), pionnière dans l'analyse du microbiote intestinal, continue son chemin en tête grâce à ses multiples connections internationales, la volonté de recherche qui anime ses membres. Pour la technique, La base Parstream n'a pas été mise en production. La société Allemande qui l'éditait s'est faite avalée par le géant cisco pour ses usages dans les routeurs. Les nombreuses corrections, améliorations des logiciels d'intégration des données de séquençage ont permis de se passer d'un tel outil.

ANNÉE 2015

En 2015 la société savante Aristote continue son chemin. Retrouver une partie du programme 2015 des séminaires ici.

En 2011, je vous avais présenté un calcul de statistiques parallélisée : "NgsStatistics". Son architecture et son enrichissement avec des bibliothèques développées chez MGP va autoriser l'injection des données en provenance des séquenceurs directement dans le cluster de la base Parstream en parallèle complet.

Retour des espaces RAID 5 des volumes Parstream en test :

Le raid matériel n'est pas toujours ce que l'on croit. Certes le contrôleur n'est jamais une bête de course, mais la version "luxe" ne permettra pas de passer à un facteur 7.

La fin de l'année 2014 et ce début d'année ont été consacré à la finalisation des différents clusters spécialisés pour des calculs, ou des bases de données dédiées aux données massives. Mais avec le nombre de plus en plus important d'élément structurels, il faut aussi commencer à gérer les pannes.

Ce début d'année a connu aussi la mise en place d'une solution d'archivage hiérarchique sur disque puis sur bandes, qui s'est révélé être inutilisable dans un contexte de clients multiples et donc uniquement utilisé, non sans difficultés, comme un outil d'archivage.

ANNÉE 2014

Vous trouverez le programme des séminaires Aristote sur sa page : Aristote en 2015 et 2014.

Mes travaux actuels consistent à mettre en place un cluster de plusieurs dizaines de serveurs équipés ou non de GPU. Ce cluster est mixte : calcul et stockage/ calcul hybride et base de données. La part de calcul est gérée par le sheduler Proactive de la société Française ActivEeon. La partie stockage a été divisée en plusieurs volumes :

Je vous ferais une description plus précise en 2015.

Décembre 2014 :

Article: Construction of a dairy microbial genome catalog opens new perspectives for the metagenomic analysis of dairy fermented products.
Mathieu Almeida, Agnès Hébert, Anne-Laure Abraham, Simon Rasmussen, Christophe Monnet, Nicolas Pons, Céline Delbès, Valentin Loux, Jean-Michel Batto, Pierre Léonard, Sean Kennedy, Stanislas Dusko Ehrlich, Mihai Pop, Marie-Christine Montel, Françoise Irlinger, Pierre Renault
ABSTRACT :  Microbial communities of traditional cheeses are complex and insufficiently characterized. The origin, safety and functional role in cheese making of these microbial communities are still not well understood. Metagenomic analysis of these communities by high throughput shotgun sequencing is a promising approach to characterize their genomic and functional profiles. Such analyses, however, critically depend on the availability of appropriate reference genome databases against which the sequencing reads can be aligned....
BMC genomics. 12/2014; 15(1):1101.
Le document au complet
Document complémentaire : 
Wealth Management in the gut.
People whose guts contain a low diversity of bacteria are found to have higher levels of body fat and inflammation than those with high gut-microbial richness. But dietary intervention can help. See Article p.541& Letter p.585 Nature 538

L'équipe de Pierre Renault, de l'unité Micalis INRA Jouy en Josas, publie cet excellent article sur les bactéries présentent dans nos fromages au lait cru. Ne sauter pas en l'air en disant "Mais ils ne peuvent pas nous laisser tranquille avec nos fromages ?". Excellente remarque sur fond d'accord de marché entre l'Europe et les USA, mais c'est exactement l'inverse. L'objectif de ce travail est de démontrer que les bactéries présentent dans nos fromages ne représentent aucun danger  pour les consommateurs Européens, bien au contraire qu'elles participent à l'enrichissement de notre microbiote intestinal, vous savez l'intestin et son microbiote notre deuxième cerveau.


Je suis devenu au mois de Juin : Président du Comité de Programme de la société savante Aristote. Je vous rappelle les fondamentaux d'Aristote :

L’association Aristote, francophone, sans but lucratif et indépendante des fournisseurs de solution, a pour objet de grouper les utilisateurs des nouvelles technologies de l’information et de communication (NTIC), d’organismes d’enseignement supérieur, de recherche et développement, et d’innovation, en vue de permettre une synergie prospective de leurs actions.

A cette fin, Aristote: favorise le partage d’expériences et de conseils, mutualise les actions de veille technologique et de veille stratégique, anticipe, favorise et met en valeur l’émergence de nouveaux usages des technologies dans un contexte humain et économique maîtrisé. Elle effectue la promotion et assure des actions de formation et d'information de toutes natures, notamment par l'organisation de séminaires et de conférences au bénéfice de ses membres, met en relation les acteurs de l’innovation et les futurs usagers de leurs inventions, et développe une pédagogie spécifique relative aux NTIC et à leurs usages.

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Nos activités dans la société savante Aristote continuent et s'intensifient. Le Comité de Programme s'étoffe de personnalités qui enrichissent la connaissance et l'ouverture vers des sujets un peu différents qui qui restent dans l'ADN d'Aristote : découvrir et faire découvrir. Ainsi, voici le cycle 2014 :

1) L'Équation du Millénaire : mission impossible ? – 12 Mars 2014: Avec Thien Hiep Lê (ONERA), R. Seneor (E.Polytechnique) & ; Ch. Tenaud (LIMSI)

2) L’innovation bio inspirée : ce que la nature nous apprend - 3 Juin 2014 Avec David Menga (EDF) & ; Bernard Monnier (MIM/Thales)

3) Innovation : vision globale sociétale – 11 Septembre 2014 Avec Bernard Monnier (MIM) et JC Sabattier (Consultant)

4) ROC & ; ROM : Reduce of Complexity, of Model - 23 Octobre 2014 Avec T.H. Lê (ONERA), C. Tenaud (LIMSI), CEA (C. Calvin).

5) Modèles de programmation, modèles d’exécution et… outils pour les supercalculateurs – 27 Novembre 2014 Avec Ph. d’Anfray (CEA), M. Kern (INRIA), MA Foujols (IPSL) et la MDLS ?

6) Accréditation des résultats de la Recherche – Décembre 2014 Avec T.H. Lê (ONERA), T. Lebrat (INRIA) et Nano Innov (à confirmer)

7) Arts numériques - Date à confirmer - 2014 Avec avec Don Foresta (MARCEL) et Karin Dassas (I.A.P.-Paris Sud) et Ph. D’Anfray (CEA)

8) Big Data 3 - 2014(?) Avec JM. Batto (INRA) et D. Menga (EDF)


Puis en juillet 2014, mais cette fois-ci dans Nature :

Article: Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis
Nan Qin, Fengling Yang, Ang Li, Edi Prifti, Yanfei Chen, Li Shao, Jing Guo, Emmanuelle Le Chatelier, Jian Yao, Lingjiao Wu, [......], Chunhui Yuan, Wenchao Ding, Yuanting Chen, Xinjun Hu, Beiwen Zheng, Guirong Qian, Wei Xu, S. Dusko Ehrlich, Shusen Zheng, Lanjuan Li
ABSTRACT : Liver cirrhosis occurs as a consequence of many chronic liver diseases that are prevalent worldwide. Here we characterize the gut microbiome in liver cirrhosis by comparing 98 patients and 83 healthy control individuals...
Nature 07/2014; · 38.60 Impact Factor
Document complet

Notre équipe publie dans le jouranal scientyific  :  Nature Biotechnology

Article: Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes
H. B. Nielsen, M. Almeida, A. S. Juncker, S. Rasmussen, J. Li, S. Sunagawa, D. R. Plichta, L. Gautier, A. G. Pedersen, E. Le Chatelier, [......], D. W. Ussery, T. Yamada, H. I. T. Consortium Meta, P. Renault, T. Sicheritz-Ponten, P. Bork, J. Wang, S. Brunak, S. D. Ehrlich, Hervé Blottière
ABSTRACT : Most current approaches for analyzing metagenomic data rely on comparisons to reference genomes, but the microbial diversity of many environments extends far beyond what is covered by reference databases. De novo segregation of complex metagenomic data into specific biological entities, such as particular bacterial strains or viruses, remains a largely unsolved problem. ...
Nat Biotechnol. 01/2014; Document source

Retrouvez momentanément le cycle 2014 d'Aristote.

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Et en partenariat avec l'ONERA :

Vers le HPC-Desk Simulation numérique & ; Calcul haute performance

Journée Scientifique ONERA

Séminaire JSO-Aristote, mardi 20 mai 2014, ONERA, Châtillon.

Coordination scientifique:

Attention: inscription obligatoire par mail avant le 13 mai programme Inscription

Retrouvez en 2013  les 25 ans d'Aristote, notre publication dans la revue scientifique "Nature",

Retrouvez en 2012  nos participations au forums TERATEC, Metahit, nos participations avec la société savante  Aristote : l'Open-word-forum, et les nombreux séminaires dont un sur le green cloud. Et bien sur quelques publications. Vous pouvez trouver le rapport d'activité de la société savante Aristote : Rapport d'activité 2012.

Retrouvez en 2011 les aventures de Benoît Grison l'un des meilleurs alpinistes du siècle dernier et mon ami. Mes travaux dans le projet OpenGPU dédié à la réintroduction du calcul vectoriel grâce aux cartes graphiques, dont l'atout principal est le prix, car démocratisées par le jeu.

Et comme le passé nous poursuit vous pourrez retrouver les travaux du projet de recherche de l'INRIA Rocquencourt Télésia dédié au travail collaboratif à la fois dans ses aspects techniques qualitatifs et usuels s'appuyant ainsi sur la société savante Aristote et ses séminaires.

Retrouvez le début de mon parcours en 2006 et bien avant mes travaux en logistique et au centre


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